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Vantaggi di questa procedura. si evitano passaggi dispendiosi (in tempo e denaro) di purificazione e un elevato numero di sequenziamenti e analisi al FAB-MS.
Note: l'interpretazione corretta dei dati può essere molto difficile senza l'appropriato uso di un computer dal momento che dipende dalla grandezza della proteina, dal numero di peptidi in miscela e dal grado di identità delle due molecole.
Uso del programma:
si inserisce la sequenza amminoacidica della 0.28
si inseriscono tutti gli a.a. identificati a ogni step della degradazione di Edman fatta sulle miscele
si inseriscono dati addizionali sugli agenti idrolitici (l' a.a. atteso al sito di idrolisi e la sua posizione nei peptidi prodotti).
Il programma identifica i frammenti di riferimento sui dati della miscela di 0.28 e ricostruisce la sequenza. Come? Con quale logica?
Il residuo identificato al primo step di degradazione viene ricercato nella sequenza dei frammenti di 0.28 che iniziano con quell'a.a. Proverà quindi a estendere la sequenza nei frammenti che rispondono a questo requisito.
Tutte le estensioni che sono risultate (da un minimo di due residui) e le loro posizioni di inizio e di fine nella sequenza della 0.28 vengono memorizzate
Sfruttando le estensioni consecutive o che si sovrappongono si può ricostruire l'intera sequenza. Le estensioni che non trovano conferme vengono scartate.
Il programma ora cerca i frammenti della 0.28 sui dati della 0.39. Se una sequenza non può essere completamente ricostruita, l'algoritmo prova a diversificare la ricerca cercando sostituzioni, inserzioni e delezioni. Delle varie possibilità farà una verifica con i dati dal FAB-MS. Il miglior allineamento lo otterrà shiftando una parte del peptide di 25 residui che si riferisce al 97-123 della 0.28 poiché dà il massimo grado di omologia e viene confermato dai dati dell'analisi di massa.