Si isola un frammento di DNA puro del quale si vuole fare il footprinting marcato ad una estremità con 32P.
In presenza della proteina che si lega al DNA nei particolari siti di attacco che si vogliono rivelare lo si taglia con una nucleasi o con un reagente che produca tagli casuali a singolo filamento sul DNA.
I sottoframmenti del filamento marcato così ottenuti sono separati su gel e rilevati mediante autoradiografia.
Il profilo delle bande ottenute del DNA tagliato in presenza di una proteina che lega il DNA viene confrontato con quello ottenuto in sua assenza.
Quando la proteina è presente i nucleotidi presenti nel sito di taglio vengono protetti -> risultato: i frammenti marcati che terminano senza la proteina nel sito di legame, lasciano ora con la proteina un intervallo nel profilo del gel che viene chiamato "footprint".
