..dalla sequenza di DNA non interrotto da introni

  1. questo approccio è ovviamente basato sulla conoscenza del codice genetico. Esso è utile particolarmente giacché la sequenza di una proteina molto grande (1000 residui) è difficilmente "affrontabile" con le reazioni di Edman sia pure con i moderni sequenziatori.

  2. la sequenza di a.acidi dedotta dal DNA è quella della proteina "nascente", cioè del prodotto diretto della traduzione.

  3. tutte le modifiche post-traduzionali (rottura di catene polipeptidiche primarie molto grandi, formazione dei ponti disolfuro, fosforilazioni, glicosilazioni, etc...) non possono venir rilevate dall'analisi della sequenza del DNA.

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L'analisi chimica delle proteine e la sequenza del DNA sono quindi approcci complementari per chiarire le basi strutturali della funzione delle proteine.

 

NOTA: ricorda che il codice genetico è detto "degenerato", ovvero ciascun a.acido è codificato da più codon.

Il macchinario di traduzione si muove in direzione 5'-3' lungo l'mRNA e la sequenza viene letta 3 nucleotidi alla volta.

Esistono 64 possibili combinazioni dei 3 nucleotidi (4x4x4) e quindi 64 possibili sequenze.

3 delle 64 codificano per codoni di STOP. Rimangono 61 sequenze per i 20 aa. => ciascun aa. è codificato da più codon => il codice è detto pertanto degenerato. N.B.: Solo metionina e triptofano sono codificati da un solo codon.

 

Il tutto implica anche che dovrebbero esserci + tRNA  per un'aa. Per qualche aa. è così e alcune molecole di tRNA richiedono un accoppiamento accurato fra le basi solo nelle due prime posizioni del codon => I 20 aa. si adattano ai 61 codon utilizzando solo 31 tipi di molecole di tRNA ( nei mitocondri ne bastano 22!).