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L'algoritmo servirà a identificare e quantificare i frammenti presenti in una miscela peptidica ottenuta idrolizzando un polipeptide di sequenza conosciuta usando agenti idrolitici.
I dati utilizzati dall'algoritmo saranno quindi:
- la sequenza target della molecola intatta
- i residui a.a. identificati a ogni step dell'analisi di seq. automatica.
- le picomoli di ogni a.a. identificato
In questo esempio conoscere quanti e quali frammenti si sono formati dalla digestione della catena β dell'insulina bovina porterà all'identificazione delle proteinasi escrete nel brodo di coltura del fungo ligninolitico Trametes Trogii e le loro proprietà cinetiche.
La proteina viene perciò digerita dalle proteinasi extracellulari a tempi e pH differenti
Per aiutare l'utente a identificare i residui a.a. presenti a ogni step è stato anche ideato un'altro algoritmo che rappresenta un alternativa a quello implementato sui sequenziatori il cui scopo è identificare solo 1 a.a. ad ogni step.
Questo algoritmo identifica i residui sulla base dell'incremento delle picomoli di ogni residuo tra il passaggio precedente e quello successivo. Il contributo della rimanenza (carryover) è sottratto con opportune variabili.
Come funziona l'algoritmo oggetto dell'articolo?
Vengono localizzati i residui del primo step sulla sequenza target e viene tentata l'estensione verso il secondo, terzo step e così via. La porzione corrispondente sulla sequenza target viene salvata.
- se l'estensione è possibile, prosegue, altrimenti si blocca e viene salvata la posizione finale.
- per ogni frammento vengono valutati i residui che possono appartenere solo ad esso
- vengono filtrati i frammenti ambigui di una certa lunghezza (ovvero quelli di 1 e 2 a.a. vengono trascurati)
- viene dedotta la sequenza dei sottoframmenti e gli vengono associati i dati quantitativi
- le informazioni vengono salvate
Questo approccio può anche essere utilizzato per avere informazioni sulla struttura tridimensionale di peptidi e proteine in soluzione.