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Il metodo messo a punto serve a ottenere velocemente informazioni sulla struttura tridimensionale di peptidi e proteine di sequenza nota.
- si prende il polipeptide nativo e lo si idrolizza con un certo numero di proteasi a differenti tempi di digestione.
- si fa lo stesso col polipeptide ridotto e alchilato.
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le miscele risultanti vengono comparate con un'analisi HPLC per stabilire differenze nel pattern d'idrolisi tra la molecola nativa e la denaturata |
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le stesse miscele della molecola nativa sono sottoposte ad analisi di sequenza automatica per identificare i siti di idrolisi. Questo consente di ricostruire la sequenza di ogni frammento presente in miscela e la sua quantità. |
La procedura ha consentito di identificare rapidamente e quantificare le idrolisi ai legami suscettibili che sono stati classificati come esposti, parzialmente nascosti o inaccessibili.
I risultati sono stati utili per evidenziare e discutere concordanze e differenze tra le accessibilità dei residui amminoacidici del modello sperimentale e di quello predetto.
Le informazioni possono essere quindi utili per validare modelli strutturali predittivi basati sulla conoscenza della struttura terziaria di proteine omologhe.
