Perchè sequenziare le proteine?

1. La sequenza di una proteina si può confrontare con tutte le altre conosciute (banche dati) per vedere se esistono somiglianze significative. Se ad esempio non conosciamo il ruolo biologico di una proteina, tramite questi paragoni possiamo identificarla come appartenente ad una "famiglia" le cui caratteristiche sono note.
2. il confronto della sequenza della stessa proteina in specie diverse fornisce informazioni sulle vie evolutive. Per esempio, un confronto fra l'albumina del siero dei primati indica che gli esseri umani e le scimmie si sono separati 5 milioni di anni fa. (L'emoglobina di un pesce è simile a quella di un mammifero?)
3. Si possono cercare ripetizioni interne nelle sequenze che caratterizzano "domini" strutturali e funzionali.
4. le sequenze degli a.acidi contengono segnali che determinano la destinazione delle proteine e ne controllano le modificazioni. Ad esempio, molte proteine che devono localizzarsi sulle membrane contengono una sequenza segnale  di circa 20 a.acidi idrofobici vicino all'N-terminale. I siti potenziali per le glicosilazioni si possono identificare con le sequenze Asn-X-Ser e Asn-Ser-Thr (le glicosilazioni avvengono su Asn). Le coppie di basici (Arg-Arg) sono potenziali siti di rottura proteolitica (proproteina-proteina)
5. Per preparare  anticorpi specifici
6. Per preparare sonde di DNA specifiche per i geni codificanti le proteine d'interesse. 

etc.. etc..