Il Southern e Northern Blot
La tecnica che permette di identificare dopo una elettroforesi, mediante una sonda, qual'è il frammento di DNA di mio interesse tra quelli che hanno corso su gel è il southern blotting (dal nome South del suo inventore). Per l'RNA si parla invece di Northern blotting e per le proteine Western blotting, ma il principio è lo stesso.
Si procede col trasferimento del DNA a singolo filamento del gel integro a un foglio di nitrocellulosa sul quale va posto a stretto contatto, in modo che il DNA vada a legarsi alla carta esattamente nella stessa posizione che aveva originariamente sul gel. Il foglio di nitrocellulosa è un supporto adatto per l'ibridizzazione mentre il gel d'agarosio non lo è.
Per far si che il DNA sia a singolo filamento si immerge il gel in una soluzione denaturante di NaOH.
Il trasferimento può essere eseguito facendo passare attraverso il gel e la nitrocellulosa un grande volume di tampone in modo da trasferire il DNA da un supporto all'altro.
il filtro deve essere seccato bene ed immerso in una soluzione contenente la sonda di DNA o RNA marcato con 32P; il tutto viene ben chiuso per evitare evaporazione del liquido e messo ad una temperatura adatta per la rinaturazione per un tempo di 16-24 ore
Il filtro viene rimosso, lavato per eliminare le molecole radioattive non legate, asciugato e radiografato con un film a raggi X.
La posizione del DNA ibrido viene identificata osservando la posizione sul film.