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Le due proteine omologhe sono la 0.39 e la 0.28, inibitori dell'α-amilasi. Si vuole determinare la struttura primaria della 0.39 sulla base della 0.28.
- Per l'analisi di sequenza:
le due proteine vengono ridotte con ditiotreitolo e alchilate con 4-vinilpiridina e quindi digerite con endoproteinasi Glu-C, scelta sulla base della sequenza della 0.28
L'identificazione dei residui presenti ad ogni step per l'analisi di seq. di una miscela contenente fino a 10 peptidi è possibile fino a 40-50 cicli della degradazione di Edman
- dal momento che sappiamo la sequenza della 0.28 e sappiamo dove taglia la Glu-C sappiamo anche quanti frammenti possono essere prodotti e dove cercarli "lungo i passaggi di Edman" ricostruendo l'intera sequenza. => si parte dal primo passo di Edman fino al passo corrispondente alla fine del frammento (a meno che non si sia verificato un taglio parziale da parte dell'enzima)
Si possono anche facilmente calcolare le masse molecolari (MH+) dei frammenti ottenuti che possono risultare utili per successive conferme
- Il passaggio successivo è la comparazione dei residui tra le due proteine. mentre si sono potuti ricostruire completamente i peptidi 1-36, 37-52, 53-69, 70-74, 75-77, 78-85 e 86-96 il 97-123 non è stato possibile ricostruirlo a causa di alcune differenze.
Ad
un esame attento si sono facilmente evidenziate la sostituzione al 109° residuo
e la delezione dei due residui in posizione 115 e 116.
Se si fosse verificata la presenza allo stesso step di più di un residuo differente sarebbe stata necessaria l'analisi dei dati ottenuti al FAB-MS.