Assegnazione dei ponti disolfuro con un metodo computerizzato usando dati ottenuti dalla spettrometria di massa

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- Il programma a partire dalla sequenza nota della proteina calcola tutti i peptidi lineari contenenti da 1 a 3 cisteine

• la logica dell'algoritmo per calcolare i vari frammenti possibili:
  • parte da ogni cisteina e si muove indietro e avanti lungo la sequenza aggiungendo un amminoacido alla volta fino a che non raggiunge una nuova Cys da una parte e una nuova dall'altra.
  • la stessa logica viene seguita a partire da 2 Cys iniziali e poi da 3 iniziali.

- Il passo successivo è determinare tutte le combinazioni per creare frammenti uniti da ponti disolfuro che contengano da 2 a 6 cisteine prendendo anche in considerazione la possibilità che vi siano cisteine non interessate da un ponte.

- Insieme alle combinazioni vengono calcolate le masse attese.

• la logica dell'algoritmo per calcolare la massa dei peptidi uniti da ponti disolfuro:

  esempio  per due frammenti ognuno con una cisteina =>

        

   

  - 3 è dovuto al fatto che vengono sottratti due idrogeni (dal momento che i due tioli diventano un disolfuro) e al fatto che il peptide avrà una carica positiva

- Queste masse si paragonano a quelle ottenute da un'analisi delle miscele peptidiche del digerito proteico.

- L'outpout viene quindi filtrato sapendo la specificità dell'agente proteolitico e/o altri dati di massa dopo aver effettuato degradazione di Edman e/o dati di massa dopo aver trattato la miscela peptidica con carbossipeptidasi.