Inizialmente i nomi venivano assegnati arbitrariamente, ma una volta che il numero di enzimi è aumentato si è creata confusione. La IUB = International Union of Biochemistry si è occupata allora di dare le basi nella classificazione degli enzimi, anche se alcuni nomi tradizionali come pepsina e papaina, restano in uso per gli enzimi che non possono facilmente essere nominati in maniera sistematica.
Suffissi tipo "olo" , "one" (es.etanolo...) => NO!
Un nome chimico, come etanolo, non solo specifica un particolare composto chimico, ma definisce anche la sua struttura chimica in accordo a principi riconosciuti. Sebbene questo tipo di nomenclatura sia di ovvio valore in chimica, non è praticabile nè di aiuto per nominare enzimi in accordo con la loro struttura. Le strutture enzimatiche sono estremamente complicate e quindi ogni nome completo strutturale sarebbe eccessivamente complicato.
Alanina -> Acido 2-ammino propionico
Valina -> Acido 2-ammino 3-metil butirrico
La caratteristica più importante per un enzima è ad ogni modo il suo potere catalitico, non la sua struttura. Inoltre, quando viene studiato lo stesso enzima da differenti organismi, si scopre che le proteine, differenti nella struttura primaria, possono avere proprietà catalitiche simili. Lo stesso nome si riferirebbe perciò a un gruppo di proteine che catalizzano la stessa reazione. Di converso, se la stessa proteina catalizza più di una reazione avrebbe più di un nome.
Criteri IUB:
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In un enzima è più importante dare informazioni sulla reazione catalizzata che sulla struttura. |
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Bisogna "chiamare" gli enzimi prima di conoscere in dettaglio la loro struttura primaria. |
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Enzimi catalizzanti reazioni simili provenienti da organismi diversi devono avere nomi simili, anche se le strutture primarie sono diverse. |
Dal 1958 al 1961 sono stati classificati 712 enzimi
Al 1978 si era già arrivati a 2122 enzimi
Gli enzimi vengono posti in 6 classi come segue:
| ossidoreduttasi
(reazioni di ossidoriduzione) |
1.1 che agiscono su >CH-OH 1.2 agiscono su >C=O 1.3 che agiscono su >C=CH- 1.4 che agiscono su >CH-NH2 1.5 che agiscono su >CH-NH- 1.6 che agiscono su NADH;NADPH |
A+B 
P+Q |
| transferasi
(trasferimento di gruppi funzionali) |
2.1 gruppi ad un atomo di carbonio 2.2 gruppi aldeidici o chetonici 2.3 gruppi acile 2.4 gruppi glicosilici 2.7 gruppi fosforici 2.8 gruppi contenenti S |
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| idrolasi
(reazioni di idrolisi) |
3.1 esteri 3.2 legami glicosidici 3.4 legami peptidici 3.5 altri legami C-N 3.6 anidridi acide |
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| liasi
(addizione a doppi legami) |
4.1 >C=C< 4.2 >C=O 4.3 >C=N- |
A
P + Q |
| isomerasi
(reazioni di isomerizzazione) |
5.1 racemasi | A
P |
| ligasi
(formazione di legami con rottura di ATP) |
6.1 C-O 6.2 C-S 6.3 C-N 6.4 C-C |
A+B+C
P+Q+R |
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La stechiometria e il nome devono essere validi in entrambe le direzioni |
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Le 6 classi di enzimi sono suddivise in sottoclassi per specificare il tipo di reazione più pienamente e per indicare la natura chimica dei rettanti.
Es. la sottoclasse 2.7 contiene enzimi che trasferiscono gruppi fosfato e la sotto-sotto classe quelli che poi hanno l'alcol come gruppo accettore.
Ad ogni enzima viene assegnato un E.C. number (enzyme commission number) costituito da 4 parti. Le prime 3 che definiscono i livelli di classificazione ed il 4° unico per quel particolare enzima.
A.B.C.D.
| A | tipo di reazione |
| B | tipo di substrato |
| C | tipo di accettore, o gruppo rimosso |
| D | numero di serie dell'enzima |
Per evitare ambiguità dovrebbe essere menzionato,in ogni pubblicazione, insieme all'E.C. number, anche la fonte da cui l'enzima è stato purificato.
L'enzima può essere identificato mediante:
Nome sistematico, con nomenclatura specifica per ogni classe
Nome raccomandato
Abbreviazione
