La conclusione complessiva della sperimentazione condotta per diversi decenni sembra essere che le modificazioni di piante e animali possono essere considerate con certezza sostenibili solo se:
i geni introdotti provengono da organismi non troppo diversi geneticamente e quindi si inseriscono in modo armonico nel contesto genetico precedente;
i prodotti a cui si mira hanno effetti positivi sull'agricoltura e cioè tendono a renderla sostenibile, come del resto affermano la Politica agricola comunitaria e anche quelle di gran parte dei Paesi del mondo;
viene mantenuto un alto livello di biodiversità in particolare negli ecosistemi naturali, con attenzione alle specie affini a quelle coltivate, nei luoghi di origine della variabilità genetica.
Biotecnologie non invasive
Esistono metodi molecolari molto raffinati che permettono di individuare in uno stadio di sviluppo precoce piante e animali che abbiano caratteristiche produttive sostenibili positive. Questi metodi non sono molto diversi da quelli utilizzati per identificare i geni negli esseri umani, per le diagnosi prenatali e in genere per la prevenzione di malattie ereditarie e si basano non sulla modificazione ma sull'identificazione accurata dei corredi genetici. L'uso di tali metodi è estremamente utile in quanto fa risparmiare molto tempo, accelerando i processi di selezione, e anche denaro in quanto impedisce l'allevamento e la riproduzione di organismi non utilizzabili per il miglioramento.
Organismi sostenibili ottenuti attraverso la modulazione dei geni esistenti e l'introduzione di geni derivanti da corredi genetici affini.
La modulazione quantitativa dell'espressione di geni già esistenti si ottiene modificando il Dna che sta normalmente a monte dei geni veri e propri (i cosiddetti "promotori"), che hanno appunto la funzione di "dire" al gene quanto, dove e quando dovrà esprimersi. Queste operazioni permetterebbero di migliorare la qualità degli alimenti facendo funzionare di più i geni positivi, aumentare la produzione di sostanze naturali di uso farmaceutico da parte delle piante officinali e di quelle che si consumano normalmente, facilitare l'assunzione di alimenti dal terreno da parte della pianta riducendo il fabbisogno di fertilizzanti, aumentare la produzione favorendo la fotosintesi e il rapporto sintesi consumo, ecc.
Organismi che migliorino lo stato dell'ambiente.
Le resistenze naturali allo stress potrebbero essere utilizzate per produrre piante resistenti alla salinità e alla desertificazione oppure capaci di immobilizzare inquinanti presenti nel terreno e nelle acque o anche di migliorare l'interazione con i microrganismi del terreno, facilitando ad esempio la fissazione dell'azoto e diminuendo contemporaneamente l'uso di fertilizzanti chimici.
Accentuazione delle caratteristiche dei prodotti tipici.
Anche qui si potrebbe agire sui promotori di geni già esistenti responsabili dei profumi, dei gusti, del colore, di altre caratteristiche qualitative utili per le produzioni tradizionali e tipiche, in particolare dei Paesi mediterranei come il nostro e di quelli del Sud del mondo.